Ministro de Educación Pública.

Molina fue llamado por el Presidente Gabriel González Videla en 1947 para hacerse cargo de la cartera del Ministerio de Educación Pública. Aceptó con mucho entusiasmo tal designación.

Sin embargo, muy pronto debió enfrentarse no solo a las limitaciones económicas de un presupuesto ineficiente, sino también a la crítica de su filosofía tildada de individualista y atea. A estas acusaciones con interés político, el maestro Molina hizo su debido descargo.

Para Molina el lema del Estado docente no pasaba de ser "un verbal saludo a la bandera", ya que el gobierno no entregaba fondos suficientes a la educación. Eso movió al maestro a realizar una acción benéfica de orden persona, solucionando -dentro de sus capacidades- los problemas no solo económicos de los profesores, sino también familiares.

Molina fue uno de los pocos chilenos que recibió una importante número de honores en vida, tales como rector vitalicio de la Universidad de Concepción, y profesor honoris causa de la Universidad de Chile. El prolífico maestro falleció el 6 de marzo de 1964 .